Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Scully apprend que les implants collectent des informations et reproduisent artificiellement les processus mentaux. Elle découvre le Centre de Recherche sur les maladies, une ancienne léproserie, où sont fabriquées les puces. Pendant ce temps, à bord du train pour le Canada, Mulder tente de découvrir qui est derrière toutes ces expériences. Mais il doit affronter 'le rouquin' et se retrouve piégé dans un wagon. Sans code d'ouverture, il ne peut sortir sans faire exploser une bombe...