Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Avant de partir en vacances, Mulder confie à Scully des affaires qu'il aimerait voir résolues. Pourtant décidée à profiter de son absence pour prendre soin d'elle-même, Scully suit la piste d'un Russe, supposé avoir des informations sur les extraterrestres. Au cours de l'enquête qui la conduit chez un tatoueur, elle rencontre Ed, un jeune homme qui vient de se faire tatouer une Pin-up sur le bras et l'invite à dîner. Mais le lendemain, des inspecteurs informent Scully que la voisine de Ed a disparu et qu'il a laissé du sang dans l'appartement...