Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Scully vient d'apprendre qu'elle est atteinte d'une tumeur inopérable, située entre les sinus et le cerveau. Elle décide de contacter une association de femmes, qui ont autrefois été enlevées et ont toutes développé la même maladie après s'être fait ôter une plaque de métal du cou. Parallèlement, Mulder soupçonne le Dr Scanlon, qui a traité le cancer de toutes ces femmes, d'être à l'origine des enlèvements...
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