Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une foule importante est agglutinée aux alentours du Memorial des vétérans du Vietnam de Washington. Pour marquer le début de l'importante cérémonie commémorative, le général Benjamin Bloch monte sur le podium et entame son discours. Pendant ce temps, à quelques centaines de mètres de là, Mulder, Scully et d'autres agents du F.B.I. traquent fiévreusement un homme armé qui s'est glissé dans la foule...