Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Alors qu'il plonge pour étudier la carcasse d'un OVNI tombé en mer, Mulder est attrapé et fait prisonnier par des militaires. Libéré de prison sous caution, Mulder, accompagné de Scully, se rend au mobile-home de Max Fening, dans lequel ils découvrent une cassette. Max y affirme avoir des preuves irréfutables que l'armée américaine a utilisé des technologies extraterrestres pour les appliquer à ses propres programmes...