Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un scientifique est renversé par un autobus alors qu'un vieil homme venait de lui prédire l'heure exacte de sa mort. Mulder et Scully sont amenés à soupçonner l'un de ses collègues, Jason Nichols, qui aurait pu pousser John Menand sous le véhicule du meurtrier. Peu de temps après, un gardien puis un savant japonais sont retrouvés morts, comme congelés. Troublante coïncidence, Menand et Nichols menaient d'importants travaux dans le domaine de la cryogénie...