Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une femme est mortellement piquée par des abeilles alors qu'elle se rend aux lavabos dans un supermarché. La nuit suivante, quelqu'un efface toutes les preuves existantes. Le coupable n'est autre que Walter Skinner ! Venant récupérer ses preuves sous l'identité de l'agent Mulder, il rencontre, malencontreusement, un collègue qui avait lié connaissance, sur Internet, avec le vrai Mulder. Skinner l'éconduit. L'homme est retrouvé mort...