Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un gérant de bowling, Angie Pintero, aperçoit une jeune fille coincée dans la machinerie de la piste. Elle prononce quelques mots, mais personne ne semble l'entendre... Quelques temps après, la même jeune fille est retrouvée morte. Pintero avait bel et bien vu un fantôme ! Après que les premiers soupçons se tournent vers Harold Spuller, un malade mental, l'enquête prend une autre tournure. Scully voit en effet apparaître un spectre alors qu'elle est victime d'un de ses saignements de nez réguliers. Déstabilisée, elle décide d'aller voir le psychiatre du FBI pour lui raconter ses problèmes et surtout cette vision qui la plonge dans un doute profond...
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