Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder se réveille au beau milieu d'un cauchemar mettant en scène sa sœur et un couple. Il est quelque part dans la chambre d'un motel, maculé de sang. Réveillé au beau milieu de la nuit, Scully vient à sa rescousse pour apprendre que Mulder ne se souvient plus de rien concernant la nuit passée. En outre, des balles manquent dans son chargeur. Mulder et Scully, partant en chasse, retrouvent la piste d'une dénommée Cassandra...