Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Après la découverte d'un extraterrestre conservé par le froid d'un sommet du Canada, Mulder et Scully sont appelés afin d'étudier le corps. Alors que Scully prélevait un échantillon de glace, elle est attaquée par un chercheur du Pentagone, Michael Kritschau, qui semble en savoir beaucoup sur l'extraterrestre. Kritschau affirme à Mulder que le gouvernement a planifié cette découverte afin de détourner l'attention de ses propres activités. Tout ce en quoi Mulder croit pourrait être totalement faux...