Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Dans l'État du Michigan, certaines jeunes femmes victimes d'un kidnappeur sont endormies au moyen d'un sédatif et emmenées dans un endroit secret et reculé pour être lobotomisées. En essayant un nouveau photomaton, Mulder reçoit une photo de Scully entourée de démons...