Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
L'unité de chirurgie esthétique d'une clinique est le théâtre d'un meurtre atroce d'un des patients par un chirurgien qui affirme avoir été possédé au moment du crime. Les investigations mènent Mulder et Scully sur la piste d'une infirmière soupçonnée de pratiques sataniques...