Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Emprisonné avec Krycek dans un goulag en Russie, Mulder parvient à s'échapper en détournant un camion de livraison. En cavale dans la nature, il est poursuivi par le chauffeur du camion, qui le rattrape et finit par lui expliquer que de nombreuses personnes dans la région ont pu échapper à la torture au goulag en se laissant amputer du bras gauche. Quant à Scully, elle est toujours auditionnée par une sous-commission de sénateurs au sujet de la disparition de Mulder...