Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder apprend de la bouche de Kritschgau que ses conversations téléphoniques sont sur écoute. Il découvre alors que l'appartement juste au-dessus du sien est occupé par un membre d'une branche secrète du FBI, qui enregistre toutes ses conversations depuis des années. Afin de mener son enquête pour enfin découvrir la vérité, Mulder demande à Scully de le faire passer pour mort. Après s'être infiltré au cœur de ce centre de recherches, Mulder rencontre Kritschgau, qui lui dévoile tout sur l'organisation...