Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Scully décide de s'octroyer un week-end prolongé loin de Washington. En route pour la Nouvelle-Angleterre, elle fait halte dans une petite ville du Maine, où elle est témoin d'un étrange phénomène. Dans un libre-service, les clients se frappent et se mutilent soudainement, et le boucher se tue en se plantant un couteau sur lui. Tous les habitants semblent terrorisés par la petite Polly Turner et sa curieuse poupée prénommée Chinga. Qui se cache donc derrière cette émule de Chocky ?