Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully sont appelés à enquêter sur une gigantesque fusillade, qui a éclaté dans un restaurant entre des dealers de drogue et des policiers. Dans ce restaurant dînait justement Donald Gelman, un des informaticiens à l'origine d'Internet, qui travaillait sur son ordinateur portable et a été pris dans la fusillade. Mulder dérobe son ordinateur et y trouve un disque. Après une petite enquête, il découvre que Gelman avait créé un programme informatique totalement autonome qui a fini par se retourner contre son créateur...