Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
En 1990, dans l’État de Wisconsin, un shérif pénètre dans une maison afin d'en expulser l'occupant, un certain Edward Skur. Horrifié, l'officier découvre un cadavre qui semble avoir été vidé de tous ses organes. Un individu sort brusquement de l'obscurité : le shérif ouvre le feu. L'homme tombe à terre, murmurant «Mulder»...