Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Alors qu'elle regagne son appartement, Marty Glenn, une jeune femme d'une vingtaine d'années, a la vision d'un meurtre. Peu de temps après, la police est appelée à un motel où le cadavre d'un homme a été découvert. Marty se trouve également sur les lieux du crime, une éponge pleine de sang dans les mains. Elle est arrêtée pour meurtre, mais en la menottant, les policiers découvrent qu'elle est aveugle...