Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Scully enquête sur la mort inexpliquée d'une jeune fille de seize ans paraplégique, Dara Kernof, retrouvée morte, agenouillée en pleine rue, les yeux brûlés. Son père, Lance Kernof, a été témoin de la scène : selon lui, sa fille adoptive a été tuée par le Diable en personne. Peu de temps après, un deuxième cadavre aux yeux brûlés est découvert et ce n'est autre que la sœur jumelle de Dara...