Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Le FBI et la CIA ont assemblé leurs forces pour capturer Jacob Steven Haley, le second d'un groupe terroriste connu sous le nom des Spartiates. Selon des informateurs, Harvey devait remettre à un mystérieux individu une importante somme d'argent dans un parc de Washington, en échange d'une livraison d'armes. L'opération a échoué et l'agent Scully est persuadée que Fox Mulder a délibérément laissé filer le terroriste...