Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
A Oak Brook, non loin de Chicago, une entreprise fabricant des revêtements de façade, Vynilright, vient de déposer une plainte. Le service de télémarketing de cette société est la cible d'une personne anonyme qui diffuse une sorte de manifeste enregistré comportant des menaces très violentes. Fox Mulder pense qu'il s'agit probablement d'un mauvais plaisantin mais il décide tout de même de se rendre sur place...