Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Après avoir perdu connaissance, Scully est à l'hôpital, à l'article de la mort. L'homme à la cigarette propose à Mulder de la soigner à l'aide d'une puce électronique, ce dont le frère de Dana doute, en reprochant à l'agent la maladie de sa sœur. L'homme à la cigarette est alors menacé par des membres de son groupe, qui l'accusent d'avoir pris de trop gros risques en informant Mulder sur leur centre de recherches. Mais confiant, il permet à Mulder de rencontrer sa sœur, qui l'informe de ce qui lui est arrivé depuis son enlèvement...
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