Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
En 1989, une équipe du SWAT pénètre de force dans un entrepôt dont le sol est couvert de sang. C'est là que les officiers découvrent Mulder, nu, semblant avoir perdu la raison. C'est alors que Langly, Frohike et Byers surgissent des ténèbres et tentent de s'enfuir, sans toutefois y parvenir. L'inspecteur Munch entreprend alors d'interroger Byers. En effet, malgré les évidentes traces d'une tuerie et l'implication d'un agent du FBI, apparemment victime de troubles mentaux, les policiers n'ont que peu d'indices sur ce qui s'est réellement passé. Byers se lance alors dans le récit de la fusillade...