Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully traversent la Floride en compagnie de deux autres agents du FBI ; ils doivent participer à un séminaire de communication. En route, alors qu'ils traversent une immense forêt, un barrage de police les contraint à s'arrêter. Un homme vient de disparaître de façon mystérieuse. Mulder et Scully proposent leur aide aux enquêteurs, espérant par là-même échapper à leur séminaire. Il s'avère que le matin, une équipe de géomètres a disparu sans laisser de traces...