Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
En famille pour les fêtes de Noël, Scully reçoit un appel pour qu'elle se rende sur les lieux d'un étrange suicide. Sur place, elle découvre le corps sans vie de Roberta Sim, et tente de consoler sa fille, Emily. Troublée par la parfaite ressemblance de cette enfant avec sa propre sur, Melissa, lorsqu'elle avait le même âge, Scully fait autopsier le corps de Roberta. Il s'avère qu'Emily a été adoptée et qu'elle est gravement malade...