Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Au pénitencier de Lorton, en Virginie, une thérapeute se penche sur le cas de Robert Modell, mieux connu sous le nom de «Pusher», individu extrêmement dangereux. Le gardien met en garde son collègue de ne pas sous-estimer le prisonnier, mais ce dernier l'attire dans sa cellule. Modell l'enferme à sa place et réussit à prendre la fuite...