Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
En employant un procédé spécial qui réinjecte une certaine humidité à ses documents, Mulder devrait pouvoir récupérer ses dossiers qui ont été détruits dans l'incendie de son bureau il y a plusieurs mois. Ses supérieurs hiérarchiques du FBI, en particulier le nouveau directeur adjoint, Kersh refuse de croir à la théorie de Mulder, selon laquelle des extra-terrestres seraient en train de conquérir la planète. Mulder veut prouver que Scully a été infectée par un virus d'origine extra-terrestre. Mais Dana lui avoue finalement qu'elle n'a pas réussi à identifier le virus...
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