Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Relégués à des tâches subalternes, Scully et Mulder s'ennuient à longueur de journées. Pourtant, un matin, le directeur-adjoint Kersh appelle Dana et lui propose d'effectuer une mission spéciale en compagnie de l'agent Peyton Ritter. Il s'agit d'enquêter sur un certain Alfred Felling, un photographe de la police dont le comportement intrigue le FBI...