Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un dépôt ferroviaire à Arlington, Virginie. Le Dr Openshaw pénètre dans un wagon de chemin de fer transformé en bloc opératoire. Il rend visite à Cassandra, une femme qui a subi avec succès plusieurs interventions. Soudain, un «homme sans visage» surgit à la porte du wagon. Muni d'un lance-flammes, il extermine toute l'équipe médicale. Seule Cassandra est épargnée... Le directeur Skinner et l'agent Spender se rendent sur les lieux du drame. Spender est bouleversé. En effet, Cassandra n'est autre que sa mère, mystérieusement enlevée voilà près d'un an. Reprenant peu à peu conscience, Cassandra demande à parler à l'agent Mulder...