Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully forment un beau couple. Se faisant passer pour Rob et Laura Petri, ils emménagent dans la résidence «Falls of Arcadia», une communauté très fermée où les règles de vie sont strictement surveillées. Les deux agents enquêtent sur l'étrange disparition de plusieurs habitants des lieux. A peine arrivés, les deux fédéraux reçoivent l'aide de tous leurs voisins afin de terminer leur déménagement avant 18 heures...