Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully enquêtent sur un meurtre d'un genre totalement inédit. Le cœur de la victime a disparu mais la police n'a révélé aucune trace d'incision, aucune empreinte. Mulder penche pour la thèse de la chirurgie mentale. Scully veut du concret. Quelques jours plus tard, un nouveau meurtre est signalé. Fox se rend immédiatement sur les lieux...