Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Deux squelettes étrangement enlacés viennent d'être retrouvés dans la région de la Montagne Brune, en Caroline du Nord. Les premières expertises médicales prouvent qu'il s'agirait des restes de Wallace et Angela Schiff, un couple qui a disparu voilà moins d'une semaine. C'en est assez pour intéresser Mulder et Scully...