Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Sur une plage de Côte d'Ivoire, le scientifique Solomon Merkmallen découvre, fiché dans un rocher, un fragment d'une tablette métallique sur laquelle sont inscrits des symboles ésotériques. De retour à son bureau, il rapproche sa découverte d'un autre fragment, en tout point similaire. Soudain, animé d'une fulgurante énergie, l'objet, projeté dans les airs, va se ficher dans une bible...