Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder entraîne Scully dans le désert du Nevada afin de rencontrer un indicateur qui travaille dans la zone 51. Ce dernier est supposé leur apporter la preuve que des expériences gouvernementales sont menées avec des technologies extra-terrestres. Mais avant qu'ils ne puissent se rendre sur le lieu de rendez-vous, des officiers de la zone 51 leur barrent le chemin et l'agent Morris Fletcher leur ordonne de quitter les lieux au plus vite. Alors que Scully tente de convaincre Mulder de faire demi-tour, un OVNI apparaît, en émettant une importante vague de chaleur, puis disparaît...