Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Wayne et Laura Weinsider vont bientôt avoir un enfant. Mais l'examen prénatal révèle que leur bébé est atteint d'une étrange malformation de la colonne vertébrale et du crane. Une nuit, Laura fait un horrible cauchemar : un démon la ligote et lui vole son enfant. A son réveil, la jeune femme constate avec horreur que quelqu'un lui a effectivement pris son bébé... Le shérif de la ville, qui n'est autre que le frère de Laura, alerte Spender, l'agent local du FBI. Le rapport finit à la poubelle dans les minutes qui suivent...