Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
À Kroner, au Kansas, aucune averse n'est annoncée dans un futur proche. Pourtant, à la suite d'une dispute avec sa fiancée Sheila, Daryl Mootz prend sa voiture, se retrouve sous une averse de grêle et perd le contrôle de son véhicule. Six mois plus tard, Mulder et Scully se rendent à Kroner afin d'enquêter sur un homme, surnommé le «Roi de la Pluie» et prétendant pouvoir contrôler la météo...