Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Scully étudie une photographie du vaisseau spatial extraterrestre découvert dans une baie de Côte d'Ivoire. Le métal comporte des idéogrammes Navajo semblables à ceux inscrits sur les autres artefacts concernant la Genèse humaine. Scully réfléchit au moyen de guérir les maux de tête de Mulder, désormais interné dans un hôpital psychiatrique...