Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Bud LaPierre vit avec sa femme Billie et leur fille Amber Lynn à Sacramento, en Californie. Un soir, alors qu'il regarde la télévision, Bud entend un bruit suspect dans la maison. En inspectant les chambres, il surprend sa femme en train d'écrire une demande de rançon. Déconcerté, il s'inquiète pour sa fille qui pourtant dort sagement. Mais une fois sorti de la chambre, la porte claque brusquement, l'empêchant de rentrer dans la pièce. Lorsqu'il réussit à la rouvrir, Amber Lynn a mystérieusement disparu...