Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder, Scully et Skinner ont arrêté un tueur en série, Ed Truelove, après avoir découvert plusieurs tombes d'enfants dans les bois près de sa maison. Une expertise médico-légale minutieuse révèle que ni Amber Lynn , ni la sœur de Mulder ne font partie des victimes...