Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
A Los Angeles, le shérif-adjoint Keith Wetzel est filmé par l'équipe de la série télévisée C.O.P.S, lors d'une intervention dans le quartier de Willow Park, où un "monstre" semble rôder. De retour chez lui, Wetzel entend des bruits derrière sa maison et part se réfugier dans sa voiture avec l'équipe. Mais le véhicule est retourné par une force invisible. Venu enquêter, Mulder songe à un loup-garou...