Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une famille américaine, dont le fils, Jason, est atteint d'un grave cancer, refuse que son enfant soit soigné par conviction religieuse. Or, l'enfant se remet miraculeusement et affirme que ce sont des anges qui sont venus le guérir, une nuit, dans son lit. Scully et Mulder se saisissent alors de ce dossier. L'homme à la cigarette interpelle Scully et lui révèle qu'elle est en train de mourir...