Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Dans une ville apparemment tranquille, une jeune femme a été victime de l'agression d'une créature ressemblant à un corbeau. Les agents Mulder et Scully sont à la recherche d'une mystérieuse femme qui serait la dernière personne à avoir vu six prostituées peu de temps avant leur disparition. Ils sont aussitôt saisis de cette affaire...