Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Tandis que Scully attend les résultats d'une autopsie, Mulder enquête sur le phénomène des "crop circles" : des traces circulaires observées dans des champs en Angleterre. A l'hôpital, l'agent Scully reconnaît par hasard l'un des patients : il s'agit du docteur Waterston, une ancienne liaison. Celui-ci lui confie ne s'être jamais remis de leur rupture... En sortant de l'hôpital, au volant de sa voiture, une femme évite à Scully une collision avec un camion. Plus tard, Colleen Azur, une jeune femme rencontrée par hasard à l'hôpital, transmet à Scully les documents concernant les "crop circles", ceux-là même que recherchait Mulder...