Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
En Caroline du Nord, Skinner a pour mission de veiller sur le Dr Jim Scobie et sa femme Joan. Jim est retrouvé mort, le corps ravagé par des insectes. Skinner demande de l'aide aux agents Mulder et Scully. Il leur apprend que Jim Scobie travaillait en tant que biochimiste dans une firme de tabac, l'entreprise Morley...