Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Lors d'une réunion dans les bureaux du FBI, Mulder, Scully et Skinner discutent d'une affaire : une bombe a explosé dans la crypte de l'église du cardinal O'Fallon, un homme pressenti pour devenir le premier pape américain. Un réalisateur de cinéma assiste à la réunion et prend des notes. Wayne Fetterman, un vieil ami de Skinner, est en effet en train de travailler sur un film traitant du FBI ; il veut juste quelques tuyaux pour son scénario...