Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder souffre toujours de délires chroniques à l'hôpital : il rêve que l'Homme à la Cigarette vient le guérir et lui annonce qu'il est son père. Pendant ce temps, Kritschgau veut obliger Scully à lui accorder un accès total à ses recherches sur le vaisseau spatial extraterrestre...