Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
En Californie, un jeune homme affamé veut se faire servir, dans un fast-food, le Lucky Boy. Bien que le fast-food soit fermé, le jeune homme insiste. Il finit par sortir de sa voiture et est happé par un monstre. Mulder et Scully arrivent trois jours plus tard sur les lieux. Ils ont retrouvé le cadavre du client dans un bassin, avec un badge du Lucky Boy. Un des employés du fast-food, Derwood Spinks, n'a plus son badge. En recherchant des preuves, les agents découvrent que le cerveau de la victime a été légèrement modifié...