Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully se rendent dans le pénitencier de Marion, dans l'Illinois, car plusieurs détenus se sont fait la belle, avec l'aide d'un prêtre... Scully se sent tout particulièrement affectée par cette affaire, car Donnie Pfaster, l'un des fugitifs, un nécro-fétichiste condamné à perpétuité pour crimes sexuels sadiques, a tenté d'abuser d'elle cinq ans plus tôt...