Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully se rendent à Los Angeles pour enquêter sur la mort mystérieuse d'un magicien, Maleeni, dont la tête s'est détachée du corps. Parmi ses tours les plus spectaculaires, Maleeni était capable de faire un tour complet avec sa tête, tour qu'il avait d'ailleurs réalisé le soir de sa mort et qui fut filmé par un spectateur...