Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
De retour d'un voyage en Inde, un américain, Hugh Potocki, est retrouvé mort dans une chambre d'hôtel aux Etats-Unis. Sur place, Scully et Doggett enquêtent et remarquent l'empreinte d'un doigt minuscule près d'une flaque de sang. Le plus étrange réside dans l'autopsie pratiquée par Scully : celle-ci révèle que le décès remonte entre 24 et 36h, certifiant que Potocki est mort en Inde...